루피 일행은 메리호 수리와 능력 있는 배 목수를 찾기 위해 물의 도시 워터 세븐에 도착한다. 갈레라 컴퍼니에 배 수리를 의뢰하지만, 메리호는 심하게 손상돼 수리가 불가능하다는 판정을 받는다. 게다가 우솝이 배 수리비 2억 베리를 해체업자 프랑키 일가에게 빼앗기고, 책임을 느껴 혼자 아지트에 쳐들어갔다가 실패한다.

분노한 루피 일행은 프랑키 일가 아지트를 부수지만, 우두머리 프랑키는 자리에 없어 돈을 되찾지 못한다. 루피는 메리호와 작별하고 새 배로 갈아타겠다고 선언하지만, 우솝과 크게 다투고 결투 끝에 우솝이 일행을 떠난다.

다음 날 워터 세븐 시장 아이스버그 암살 미수 사건이 발생하고, 로빈이 용의자로 지목되면서 루피 일행도 의심받는다. 프랑키가 나타나 적과 싸우고, 루피 일행은 아이스버그 저택에서 진실을 확인한다.

상디와 쵸파는 로빈을 만나지만, 로빈은 다시 돌아가지 않겠다고 선언하고 떠난다. 루피 일행은 다시 아이스버그를 찾아가지만, 그곳에서 CP9 요원들이 아이스버그를 공격하는 현장을 목격한다. CP9은 세계 정부의 비밀 첩보 조직으로, 아이스버그가 숨긴 고대병기 ‘플루톤’ 설계도를 노리고 있다. 로빈도 그들과 함께 움직이고 있었다.

로빈은 루피 일행과 결별하고 CP9과 함께 사라진다. CP9은 설계도의 진짜 소유자인 프랑키와 우솝을 붙잡아 바다 열차로 사법의 섬 에니에스 로비로 향한다. 상디도 몰래 바다 열차에 타고 로빈을 쫓는다.

나미는 로빈의 진짜 소원이 동료들을 ‘버스터 콜’이라는 해군의 무차별 공격에서 지키는 것임을 알게 된다. 루피 일행은 갈레라 컴퍼니의 배 목수들과 프랑키 일가와 함께 바다 열차를 타고 로빈 구출을 위해 에니에스 로비로 향한다.

한편 상디는 해방된 프랑키와 우솝과 함께 로빈 구출에 나서고, 바다 열차는 결국 에니에스 로비에 도착한다.

회차	제목
229화	달리는 바다 열차와 물의 도시 워터 세븐
230화	수상 도시의 모험! 거대 조선소를 향하여
231화	프랑키 일가와 아이스버그 씨
232화	갤리 라 컴퍼니! 1번 조선소의 장관
233화	해적 유괴 사건과 죽음만을 기다리는 해적선
234화	동료 구출! 프랑키 하우스 습격
235화	달밤의 대격투! 슬픔에 펄럭이는 해적기!
236화	루피 VS 우솝! 맞부딪히는 사나이의 의지
237화	충격에 휩싸인 물의 도시! 표적이 된 아이스버그!
238화	고무고무 인간 VS 불을 내뿜는 사이보그!
239화	범인은 밀짚모자 해적단? 물의 도시의 파수꾼!
240화	영원한 이별? 어둠을 끌어들이는 여자, 니코 로빈
241화	로빈을 붙잡아라! 밀짚모자 해적단의 결심
242화	신호는 포격과 함께! 움직이기 시작한 CP9
243화	가면을 벗은 CP9! 놀라운 그들의 정체!
244화	은밀한 인연! 아이스버그와 프랑키
245화	돌아와 줘 로빈! CP9과의 대결
246화	밀짚모자 해적단 전멸? 모델 레오파드의 위협!
247화	배조차도 사랑한 사나이! 우솝의 눈물
248화	프랑키의 과거! 바다 열차가 처음 달린 날
249화	스팬덤의 음모! 바다 열차가 흔들린 날
250화	전설적인 남자의 최후! 바다 열차가 울었던 날
251화	배신의 진상! 로빈의 슬픈 결심!
252화	동료를 갈라놓는 기적! 달리기 시작한 바다 열차
253화	상디 돌입! 폭풍 속의 바다 열차 안에서!
254화	나미, 열혼의 외침! 밀짚모자 루피, 부활!
255화	또 하나의 바다 열차? 로켓 맨 출격
256화	동료를 구해라! 주먹에 맹세한 적 사이의 인연!
257화	파도를 부숴라! 루피와 조로의 최강 콤보!
258화	의문의 사나이 등장!? 그 이름, 저격왕!
259화	요리사 대결! 상대 VS 라면 권법
260화	지붕 위의 결투! 프랑키 VS 네로!
261화	격돌! 도깨비 베는 조로 VS 선박 절단기 티본
262화	로빈 탈환전! 저격왕의 비책!!
263화	사법 섬! 에니에서 로비의 전경