밀짚모자 해적단은 위대한 항로(그랜드라인)에 진입하자마자 거대한 고래 라분에게 삼켜지는데, 그는 과거의 해적 동료를 50년째 기다리는 중이었다. 루피는 다시 돌아오겠다는 약속을 남기고 섬을 떠난다. 그곳에서 만난 Mr.9과 미스 웬즈데이를 통해 밀짚모자 일행은 비밀조직 바로크 워크스의 존재를 알게 되고, ‘위스키 피크’에서 이 조직의 실체와 싸우게 된다. 루피 일행은 Mr.5 일당을 물리치며 미스 웬즈데이의 정체가 아라바스타 왕국의 공주 비비임을 알게 되고, 그녀를 왕국으로 데려가기로 한다.

여정을 계속하던 중, 이들은 리틀 가든이라는 섬에서 100년째 결투 중인 거인족과 만나고, 거인을 해치려는 바로크 워크스의 Mr.3를 물리친다. 이어 드럼 왕국에서 루피는 나미의 병을 치료할 의사를 찾기 위해 닥터 쿠레하를 만나고, 그곳에서 사람사람 열매를 먹은 순록 쵸파와 인연을 맺는다. 과거 트라우마에 시달리던 쵸파는 루피의 진심에 감동해 동료가 된다. 이때 나라를 버리고 도망쳤던 전 국왕 와포루도 다시 등장하지만 루피에게 패배한다.

밀짚모자 일행은 크로커다일의 수장인 바로크 워크스를 막기 위해 아라바스타로 향한다. 중간에 조직의 간부 Mr.2 봉쿠레와 마주치면서 변신 능력을 경계하기 위해 왼팔에 ‘동료의 증표’를 새긴다. 아라바스타에 도착한 루피는 형 에이스와 재회하지만, 에이스는 자신의 적을 추적하며 다시 떠난다. 한편, 아라바스타에서는 댄스 파우더로 날조된 가뭄과 국왕 음해로 인해 반란군과 정부군이 충돌할 위기에 처해 있었다. 크로커다일은 혼란을 틈타 고대병기 플루톤을 노리고 왕국을 장악하려 한다.

루피 일행은 수도로 향하다가 크로커다일에게 패해 루피가 죽음 직전까지 몰리지만, 상디의 도움으로 일행은 구출된다. 수도 알루바나에 도착한 동료들은 바로크 워크스 요원들과 분산 전투를 벌이고, 비비는 전쟁을 막기 위해 애쓴다. 크로커다일은 왕궁 지하에서 왕 코브라를 위협하며 포네그리프에서 고대병기의 위치를 알아내려 하지만 실패하고, 이를 알고 있던 미스 올선데이(니코 로빈)를 죽이려 한다. 이때 다시 등장한 루피는 마침내 크로커다일을 쓰러뜨리고 왕국을 구해낸다.

비비는 나라에 남기로 결정하고, 밀짚모자 일행은 비비와의 이별에 말 대신 ‘동료의 증표’를 들어 응답한다. 서로의 마음을 확인하며, 밀짚모자 해적단은 다음 항해지로 떠난다.

회차	제목
62화	슬픈 고래, 라분
63화	루피와 라분, 사나이들의 약속
64화	해적을 환영합니다!
65화	삼검술의 조로 VS 바로크 주식회사
66화	황당 결투! 루피 VS 조로
67화	특명! 비비공주를 호위하라
68화	코비와 헤르메포의 해군일기
69화	가프 중장의 호의!
70화	태고의 섬, 리틀 가든
71화	결투만 100년째, 거인 도리 VS 브로기
72화	함정에 빠진 거인들
73화	진정한 전사, 거인 브로기의 눈물
74화	죽지 않는 전사들
75화	마술에 걸린 루피
76화	대 반격! 우솝과 카루의 활약
77화	거인섬 안녕, 알라바스타로 출발!
78화	나미를 구할 의사를 찾아라!
79화	브리킹 해적단의 습격
80화	이름없는 섬에서의 모험
81화	마녀라 불리는 의사, 쿠레하
82화	와포루의 귀환, 도르톤의 각오!
83화	눈기둥의 섬, 드럼록키를 올라라!
84화	파란 코 사슴! 쵸파의 비밀
85화	돌팔이 의사, 히루루크의 꿈!
86화	히루루크의 벚꽃과 계승되는 의지
87화	와포루 군단의 놀라운 능력!
88화	럼블볼의 기적, 쵸파의 7단 변신!
89화	신념이 깃든 깃발이여, 영원하라!
90화	히루루크의 벚꽃! 드럼록키의 기적
91화	드럼 섬이여 안녕! 나도 바다로 간다!
92화	알라바스타의 영웅 그리고 선상의 발레리노
93화	비를 부르는 가루와 반란군
94화	호걸들의 재회! 불주먹의 에이스
95화	에이스와 루피! 형제의 뜨거운 정과 헌신
96화	초록 도시 에르말과 쿵푸 듀공!
97화	사막 대 모험! 사막에 사는 요괴들
98화	사막해적단 등장! 자유를 즐기는 사나이들
99화	가짜 반란군 카뮤의 진짜 의지!
100화	반란군 전사 코자! 비비에게 맹세한 꿈!
101화	결투! 에이스 VS 사나이 스콜피온
102화	수수께끼 유적지! 이상적인 국가
103화	스파이더즈 카페, 폐허가 된 유바!
104화	루피 VS 비비! 비비의 눈물
105화	꿈의 도시, 레인 베이스 도착!
106화	레인 디너즈로 돌진! 크로커다일의 함정
107화	유토피아 작전 발동! 반란의 시작
108화	공포의 바나나 악어와 미스터 프린스
109화	역전 대탈출의 열쇠! 미스터 쓰리!
110화	인정사정 없다! 루피 VS 크로커다일
111화	기적을 향한 질주! 알라바스타 동물랜드
112화	반란군 VS 국왕군! 아르바나의 결전
113화	울부짖는 아르바나! 카루, 하늘을 날다
114화	두더지 땅굴 4번가의 결투
115화	개봉박두! 복사복사 몽타쥬
116화	나미로 변신! 봉쿠레의 발레 권법
117화	나미의 일기예보! 크리마택트 작렬
118화	왕가의 비밀! 고대 병기 플루톤
119화	검호의 비법! 강철을 베는 힘과 사물의 호흡
120화	싸움은 끝났다! 백기를 든 코자
121화	돌아온 영웅, 루피!
122화	모래 악어 VS 물 먹은 루피!
123화	왕가의 신전을 향해 달려라 루피!
124화	다가오는 악몽의 시간! 모래모래단 비밀기지
125화	내 이름은 알라바스타의 수호신, 페루
126화	악몽의 끝을 알리는 빗방울!
127화	정의의 이름으로!
128화	해적들과의 잔치 그리고 알라바스타 탈출작전!
129화	비비가 전하는 모험담!
130화	일곱 번째 동료, 니코 로빈!